자바 EE는 자바의 기본적인 기능을 정의한 자바 SE에 웹 서버 역할을 추가한 것으로 자바 애플리케이션을 동작시킬 수 있는 컨테이너 등을 표준화한 스펙이다. 자바 EE 표준준수 웹 애플리케이션 서버는 자바 EE 스펙을 수용하는 웹 애플리케이션 서버이다.
자바 EE 표준기반 웹 애플리케이션에서 동작하는 프로그램 언어는 자바이다. 일반적으로 웹 모듈은 자바 서블릿 또는 JSP(Java Server Page)로 구성하고, 비즈니스 모듈은 EJB(Enterprise Java Beans)로 구성한다.